Egykarú felsőoktatási intézményként az oktató-kutató munka irányítása intézeti rendszerben működik. Az intézetek szakmai szervezeti egységek, akik felelősek egy-egy szak oktatási feladatainak végrehajtásáért, az oktatás fejlesztéséért. Az intézeteken belül az oktató-kutató munka tanszékeken folyik.
A Dunaújvárosi Egyetem oktatási feladatokért felelős szervezeti egységei:
